Centro Ricerche Oncologiche Mercogliano - CROM > Piattaforma di Farmacogenomica

L'obiettivo del Laboratorio di Farmacogenomica è lo sviluppo di tecnologie innovative che facilitino la realizzazione di un approccio di medicina personalizzata in oncologia. A tale riguardo, il laboratorio è dotato di due diverse apparecchiature di next generation sequencing, il SOLiD 5500xl e l’Ion Torrent PGM, che per le loro caratteristiche si prestano a diverse applicazioni per lo studio dei biomarcatori.

• La piattaforma SOLiD 5500xl consente di effettuare un sequenziamento ad elevata processività, con notevole aumento di accuratezza ed un’eccezionale risoluzione e può essere impiegata per diversi approcci che vanno dal genotyping all’espressione genica. Le prime attività effettuate col SOLiD 5500xl presente al CROM di Mercogliano sono state il sequenziamento dell’intero trascrittoma e degli Small RNA, a partire da RNA totale ottenuto dai seguenti sistemi cellulari:
• cellule staminali mesenchimali (MSC) trattate e non trattate con il fattore di crescita TGFα;
• cellule di adenocarcinoma della mammella SK-Br-3 parentali e selezionate per la resistenza all’inibitore di tirosina-chinasi lapatinib, utilizzato nel trattamento di tumori ErbB-2 positivi.
• Ion Torrent PGM presenta una minore processività e sensibilità rispetto al 5500xl. Tuttavia, essendo i costi di gestione ed i tempi di esecuzione delle analisi di gran lunga inferiori, essa si presta allo screening mutazionale di un numero medio-alto di geni. Inoltre, è disponibile, per l’impiego con l’Ion Torrent, un kit definito “Cancer Panel” che consente la determinazione di oltre 700 diverse mutazioni a partire da una quantità esigua di DNA genomico ottenuto da tessuti fissati in formalina ed inclusi in paraffina. L’elenco dei geni analizzati da questo pannello comprende numerosi oncogeni ed antioncogeni: